Äntligen har Smittskyddsinstitutet, Statens Veterinärmedicinska anstalt (SVA) tillsammans med Agrifood Economics Centre gjort en skattning av vilka kostnader som skulle uppstå om Sverige avvecklade nuvarande obligatoriska salmonellakontroll och anpassade sig till EU:s kontrollnivå. Besparingarna genom sänkta kontrollkostnaderna till EU-nivå skulle inte bli så stora, men förlusterna i hälsoledet skulle bli avsevärda säger utredarna. Om Sverige skulle tillämpa danskt kontrollsystem för salmonella skulle kontrollkostnaderna minska med 10 miljoner kr, men genom ökade antalet salmonellafall hos svenska befolkningen skulle kostnaderna öka mellan 100 till 350 miljoner kr per år. Den här studien är inte en fullständig kostnads-nyttoanalys och det behövs en sådan för att vidareutveckla frågan om vem som bär kostnaderna och vem som erhåller nyttan av insatta åtgärder
En beräkning av kostnaderna och värdet av svensk salmonellabekämpning gjordes av SVA 1992 av nuvarande GD Anders Engvall. Då kostade förebyggande kontroll och bekämpning hos svenska djur 60 miljoner kr, varav staten bekostade 12 miljoner kr. Det förebyggande arbetet d v s i huvudsak kontrollen uppgick till drygt 40 miljoner och bekämpningen vid utbrott 20 miljoner kr. Producenternas kostnad skattades till ca 9 miljoner kr. Dåtidens kostnad för sjukvård och arbetsfrånvaro var 11 miljoner kr. Om antalet salmonellafall på människa skulle vara lika stort som i andra jämförbara länder, som inte hade motsvarande den svenska kontrollen, skulle samhället drabbas av merkostnader på ca 150 miljoner. LRF har upprepade gånger bett om en motsvarande beräkning och den som nu genomförts är ett steg på vägen.
Det ges ofta en bild av att staten tar huvuddelen av kostnaderna för svensk salmonellabekämpning (undantaget slaktkyckling) och att det därmed inte finns incitament för djuruppfödare att motverka utbrott eller underlätta sanering vid utbrott. LRF har tittat på fem konkreta salmonelladrabbade besättningar och vilka kostnader som inte har ersatts av staten i samband med utbrott. I mjölk, ägg och nötköttbesättningarna uppgick förlusterna till närmare 600 000 kr, som djurägarna själva fick bekosta. Det finns ju redan idag incitament genom den frivilliga salmonellakontrollen som berättigar till 70 % ersättning jämfört med 50 % om man inte är ansluten.
Nu är det ingen som förordar en avveckling av den svenska salmonellakontrollen. Den är ju också en förutsättning för de svenska salmonellagarantierna d v s att Sverige kan ställa krav på att importerade livsmedel ska vara salmonellakontrollerade i exportlandet. Christer Wretborn i Djursmittutredningen gör det enkelt för sig genom att, utan att utreda eventuella konsekvenser, flyttar över kostnader och bekämpning till djurägarna. Kostnaderna för säkra livsmedel belastar producenterna och självfallet i slutändan också konsumenterna. När samhället begränsar sig till att bara spärra smittade besättningar, så är risken uppenbar att smittläget riskerar att försämras genom att smittor inte upptäcks och anmäls liksom att saneringar kan bli ineffektiva. Detta oroar producenter, konsumenter och även Jordbruksverket.